玉米6K基因分型芯片

康普森玉米6K基因分型芯片是是一款中等密度育種芯片,由康普森生物和中國農業科院作物科學研究所聯合開發,通過Illumina 和 Thermo Fisher 平臺定制完成的一款玉米育種芯片產品,既可以研究溫帶材料又有效于熱帶材料的分子育種研究。

位點信息:5,179個位點,24制式/384制式

 

Array Characteristics

芯片特點    

  •                            

    適用性廣

     溫帶和熱帶材料分布無顯著差異的SNP 標記占比高達2/3
  •                            

    覆蓋度高

     含2,200 多個調控功能基因表達的重要候選標記
  •                            

    功能標記

     涵包含部分玉米油分、抗旱和抗病的功能標記
  •                            

    均勻覆蓋

     全基因組均勻覆蓋,基因密度高的區段加設標記

Result display

結果展示 ? ?

提高玉米種子在低溫下的出苗能力是一個非常重要的育種目標。該研究利用4 個低溫發芽能力不同的親本構建了3 個F2:3 群體, 通過玉米6K 芯片獲得基因分型,利用2,693 個SNP 標記構建一致性遺傳連鎖圖譜,在10℃鑒定5 個低溫出苗能力相關表型,QTL 定 位結果獲得43 個QTL 和3個Meta-QTL(mQTL),這些結果為在mQTL 區域內克隆基因及發現玉米種子萌發過程的耐寒性分子機 制提供了基礎。



圖1 三個群體的低溫發芽相關性狀檢測到的QTL



表1 通過一致性連鎖圖譜檢測到的Meta-QTL (mQTL)



參考文獻:Li X, Wang G, Fu J, et al . QTL Mapping in Three Connected Populations Reveals a Set of Consensus Genomic Regions for Low Temperature Germination Ability in Zea mays L. Front. Plant Sci . 2018.

Application scenario

芯片應用場景 ? ?

  • 保種育種應用 /Conservation breeding applications ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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    分子標記輔助育種
    品種鑒定
    親緣關系鑒定
  • 基礎科研 /Basic research ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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    QTL定位
    重要標記篩選

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